Can you please let us know what version of GlassFish you are using? If possible can you also share your build structure of your web-application, for example?
localhost:dist chrisf$ jar -tvf WebApplication1.war
0 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 META-INF/
94 Mon Nov 30 18:25:06 EST 2009 META-INF/MANIFEST.MF
0 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/
0 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/classes/
0 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/
431587 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/antlr-2.7.6.jar
16520 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/asm-attrs.jar
25901 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/asm.jar
277871 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/cglib-2.1.3.jar
170393 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/commons-collections-2.1.1.jar
52592 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/commons-logging-1.1.jar
306704 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/dom4j-1.6.1.jar
204667 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/ehcache-1.2.3.jar
50344 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/ejb3-persistence.jar
274340 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/hibernate-annotations.jar
65846 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/hibernate-commons-annotations.jar
117076 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/hibernate-entitymanager.jar
345962 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/hibernate-tools.jar
2219625 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/hibernate3.jar
463915 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/javassist.jar
6253 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/jdbc2_0-stdext.jar
8120 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/lib/jta.jar
516 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/sun-web.xml
490 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 WEB-INF/web.xml
462 Mon Nov 30 18:25:08 EST 2009 index.jsp
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